熔體濾芯在使用一段時間后，均會被臟物堵塞，進出熔體過濾器的壓差上升，需清洗后才能重新使用。清洗主要是用物理化學的方法，將粘附的聚合物在高溫下煅燒、溶解、氧化或水解除去，再進行水洗、堿（酸）洗和超聲波清洗。

清洗方法有：煅燒法、鹽浴、三甘醇法、高溫水解法、三氧化鋁流化床法、真空清洗法。目前比較常用的清洗方法是三甘醇法、高溫水解法、真空清洗法。

三甘醇法是利用在三甘醇沸點時（常壓時為285°C）聚合物能被三甘醇溶解的原理達到清洗目的。清洗步驟是將被清洗物放入有加熱系統的三甘醇槽內，從室溫升至265°C左右，保溫6小時，再讓其自然冷卻到100°C，取出被清洗物，放入95°C左右的熱水槽中清洗約20分鐘，再在溫度為60-70°C的10%NaOH溶液中浸12小時后，用熱水清洗。如果是噴絲板和熔體濾芯，則要求進行超聲波清洗，清洗介質為溫度60-70°C的純水，清洗時間15-20分鐘，最后用壓縮空氣吹干。

高溫水解法是利用聚合物在高溫下易水解和堿解生成低分子物，達到被除去目的。它是將被清洗物放入高壓釜內，通入0.3-0.6MPa的蒸汽，溫度約130-160°C，時間為2-8小時。在高壓釜內，如果添加少量NaOH，則可以縮短清洗時間，然后水洗、堿洗、超聲波清洗即可。

真空清洗法又稱真空高溫分解法，其工作原理是先升溫到300°C，并保溫一定時間，使被處理工件上的聚酯或其他高聚物熔化，熔化的物料流出并排出。然后升溫，大約在350°C左右，殘留的聚酯開始分解，此時打開真空泵抽真空，升溫到500°C左右，保溫。同時通入少量空氣，對殘留物進行氧化。在真空狀態下，殘留聚酯的熱分解和氧化分解較快，產生的氣體和灰分微粒被抽走，達到清洗目的。